浙江近海有一条北宽南窄的混水带，南麂列岛适值其末端外缘，故成为浙江近海少有的清水海区，水色以绿至浅蓝为主，透明度一般大于2米，夏秋季节最大可达7米以上，3月中旬台湾暖流开始影响该海区，透明度逐步增加，到10月份爱浙江沿海岸流影响，透明度逐渐下降，考虑到台风、海水水温和海水透明度的影响，故上岛最佳的时间应选在5-8月份，此段时间台风相对较少，海水的透明度也渐入佳境，水温在逐渐回升，适宜游泳。